剧场版动画《凉宫春日的消失》改编自日本轻小说家谷川流原作的轻小说的第4卷《凉宫春日的消失，也是《凉宫春日系列》被改编的第一部剧场版动画。
圣诞节即将来临，SOS团火锅派对的活动拍板以后，阿虚就带着烦恼回家。第二天，阿虚如常上学，但他很快注意到，学校发生了与平日完全不同的事。应该在后面的座位的凉宫春日不在，却换上了理应让长门有希消灭了的朝仓凉子；不仅是这样，全世界也都变了……。